Op 21 oktober 2003 zijn de plannen van de museumhaven vastgesteld. De werkzaamheden zijn gestart in het voorjaar van 2004. Er is gekozen voor de locatie Zuiderstadsgracht. Dit is een locatie met veel (wandel)verkeer op de route van station naar binnenstad.
De Prinsentuin is in 2004 gerenoveerd. De door Roodbaard ontworpen ruimtelijke kwaliteiten werden hersteld, de voorzieningen van de passantenhaven en de gebruiksmogelijkheden van het park verbeterd en de verbindingen vanuit en naar de stad versterkt.
In opdracht van de gemeente Leeuwarden realiseert de bouwcombinatie Strukton, Hegeman en GTI (SHG) een ondergrondse parkeergarage op het Oldehoofsterkerkhof. Half november 2004 is met de bouw gestart. Op 28 november 2006 is de garage gereed.
Bovengronds parkeren op het Oldehoofsterkerkhof was jarenlang mogelijk. Zelfs tijdens de bouw van de ondergrondse parkeergarage kon er geparkeerd worden. Eind november is de parkeergarage in gebruik genomen. In december 2006 waren ook de bovengrondse parkeerplaatsen nog beschikbaar. Vanaf 2 januari kwamen die te vervallen. Toen werd er namelijk gestart met de herinrichting van het plein.
